eDNA在識(shí)別水生物種方面具有優(yōu)勢(shì)，但由于該方法固有的復(fù)雜性，其應(yīng)用在很大程度上仍在評(píng)估中。每個(gè)步驟都可能引入錯(cuò)誤和偏差，包括樣品收集，DNA提取，DNA擴(kuò)增，高通量測(cè)序和生物信息學(xué)管道。在水生生態(tài)系統(tǒng)中應(yīng)用eDNA方法時(shí)，應(yīng)考慮一些因素，并且需要強(qiáng)有力的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，以提高對(duì)從eDNA調(diào)查中獲得的結(jié)論的信心。

兩棲動(dòng)物經(jīng)常棲息在混濁的環(huán)境中，例如農(nóng)業(yè)池塘或淺水湖，由于減少，eDNA 的采樣具有挑戰(zhàn)性與高沉積物負(fù)載堵塞過(guò)濾器相關(guān)的過(guò)濾方法的性能。渾濁水域中 eDNA 研究的效率仍然鮮為人知，很少有研究解決這些環(huán)境中生物多樣性評(píng)估的困難。由于表面積大，膠囊式ENDA過(guò)濾器可以過(guò)濾大量體積并有助于克服堵塞問(wèn)題。

對(duì)于膠囊式過(guò)濾器，使用采樣泵送水。便攜式水生態(tài)EDNA捕獲器在從大量水的過(guò)濾（流淌或停滯）中回收水生生物的DNA方面非常有效。只需對(duì)池塘、溪流和湖泊等水體進(jìn)行采樣、過(guò)濾，就可以有效捕獲水生生態(tài)系統(tǒng)中的這部分DNA。過(guò)濾膠囊過(guò)濾器可用于高濁度水，過(guò)濾水量可達(dá)100升。